വെള്ളാപ്പള്ളി നടേശന്റെ മതനിരപേക്ഷ നിലപാടുകളോട് സിപിഎമ്മിന് എല്ലാ കാലത്തും യോജിപ്പെന്ന് സിപിഎം സംസ്ഥാന സെക്രട്ടറി എം. വി. ഗോവിന്ദൻ.എന്നാൽ അതിൽ നിന്ന് വ്യത്യസ്തമായ നിലപാട് അദ്ദേഹം സ്വീകരിക്കുമ്പോൾ അതിന്റെ ഉത്തരവാദിത്വം സിപിഎം ഏറ്റെടുക്കേണ്ട കാര്യമില്ലെന്നും എം.വി. ഗോവിന്ദൻ മാധ്യമങ്ങളോട് പറഞ്ഞു.സിപിഐ ചതിയൻ ചന്തു ആണന്ന നിലപാട് ഞങ്ങൾക്ക് ഇല്ല. സിപിഐയുമായി ഏറ്റവും നല്ല ഐക്യത്തിലാണ്. അത് തുടർന്ന് മുമ്പോട്ട് കൊണ്ടുപോകും. ഇത്തരത്തിൽ പറഞ്ഞതിന് ഉത്തരവാദി ഞങ്ങളല്ല, അതിനുള്ള ഉത്തരം വെള്ളാപ്പള്ളിയാണ് പറയേണ്ടത്’. വിദ്യാഭ്യാസ സ്ഥാപനങ്ങളുടെ അനുമതിയുമായി ബന്ധപ്പെട്ട വിഷയം ഭരണപരമായ കാര്യങ്ങളാണ്. അതിന്റെ സാങ്കേതികത്വം സർക്കാരിന് മാത്രമേ പറയാൻ പറ്റൂ എന്നും അദ്ദേഹം കൂട്ടിച്ചേർത്തു.