ബന്ധുനിയമന വിവാദത്തിനൊടുവിൽ തൻ്റെ സഹോദരീ ഭർത്താവ് ബെന്നി തോമസ് രാജിവെച്ച സംഭവത്തിൽ പ്രതികരിച്ച് മന്ത്രി സണ്ണി ജോസഫ്.ബെന്നി തോമസിന്റെ നിയമനത്തിൽ യാതൊരുവിധ നിയമ പ്രശ്നങ്ങളും ഉണ്ടായിരുന്നില്ലെന്നും രാജി അദ്ദേഹത്തിന്റെ സ്വന്തം തീരുമാനമാണെന്നും മന്ത്രി വ്യക്തമാക്കി. എന്നാൽ, കൂടുതൽ വിവാദങ്ങൾ ഒഴിവാക്കാൻ, മുഖ്യമന്ത്രി ആവശ്യപ്പെട്ടതു പ്രകാരമാണോ ബെന്നി തോമസ് രാജിവെച്ചതെന്ന മാധ്യമങ്ങളുടെ ചോദ്യത്തോട് വ്യക്തമായ മറുപടി നൽകാതെ മന്ത്രി ഒഴിഞ്ഞുമാറി.രാജി ബെന്നി തോമസ് വ്യക്തിപരമായി എടുത്ത തീരുമാനമാണെന്നും ബെന്നി തോമസ് ആരാണെന്ന് പേരാവൂരിൽ പോയി അന്വേഷിച്ചാൽ മനസിലാകുമെന്നും അദ്ദേഹം പറഞ്ഞു. ബന്ധുവെന്ന പേരിലായിരുന്നില്ല നിയമനമെന്നും അദ്ദേഹത്തിന്റെ പൊതുപ്രവർത്തന പരിചയം മുൻനിർത്തിയാണ് നിയമനം നൽകിയതെന്നും മന്ത്രി സൂചിപ്പിച്ചു. ഇന്നലെയാണ് നിയമനം വിവാദമായതിന് പിന്നാലെ ബെന്നി തോമസ്, സണ്ണി ജോസഫിന്റെ പേഴ്സണൽ സ്റ്റാഫിലെ ജോലി രാജിവെച്ചത്.